Von den Wirren und Auseinandersetzungen dieses Krieges wurde Neckargartach erst nach der Schlacht bei Wimpfen, die tatsächlich auf den Feldern westlich von Obereisesheim und östlich von Biberach stattfand, vernichtend getroffen. Hier traf das 13.000 Mann starke Heer der katholischen Liga unter Tilly auf das 15.000 köpfige Heer der protestantischen Union unter Führung des Markgrafen Georg Friedrich von Baden-Durlach, der seine Stellung beim Altböllinger Hof hatte. Als durch ein Unglück (der Pulverwagen der Protestanten wurde getroffen und explodierte) die Schlacht entschieden wurde, konnte der Markgraf von Baden entkommen, während der ihn unterstützende 28-jährige Herzog Magnus von Württemberg an der Spitze seines Kürassierregiments fiel und so furchtbar zerfleischt wurde, dass er nur noch an seinem Muttermal erkannt werden konnte. Beide Kriegsgegner hatten etwa 5.000 Tode zu beklagen (damalige Einwohnerzahl Heilbronns).
Auf den Straßen nach Süden wälzte sich das geschlagene Heer des Markgrafen von Baden auf der Flucht dahin. Dessen Silberwagen war bereits am Abend vorsorglich in die Stadt Heilbronn verbracht worden. Zuvor war er am Tor an der Wimpfener Straße in Neckargartach aufgehalten worden, weil flüchtende Lothringer Reiter es geschlossen hatten und beim raschen Öffnen der Schlüssel ver-dreht wurde. Mit Äxten und Beilen musste das Tor aufgehauen werden, während die Flüchtenden davor in panische Angst gerieten. Auf dem Böllinger Weg in Rich-tung Neckargartach hatten sich die Fliehenden samt Fahrzeugen gestaut, was sich verhängnisvoll an der Brücke über den Böllinger Bach auswirkte. Der Steg war verstopft und zahlreiche Soldaten und Pferde wurden in den Hochwasser füh-renden Bach gestoßen, viele ertranken. Von den Reitern Tillys wurden die Flüch-tenden eingeholt und die meisten in einem furchtbaren Blutbad zusammengehauen.
Am Tag nach der Schlacht fiel das vereinigte bayrisch-spanische Heer unter Verletzung der reichsstädtischen Neutralität in das Heilbronner Herrendorf Neckargartach ein. Vorsichtige Neckargartacher hatten schon in der Nacht zuvor ihre wenigen Habseligkeiten vergraben, ihre Kinder versteckt. Spanier und Kroaten stürmten von Westen her an der Kirche vorbei den Schafbuckel hinaus und dran-gen in das ungeschützte Dorf ein. Da wusste jeder Dagebliebene, dass es nun keine Rettung mehr gab. Ein unmenschliches Morden und bestialisches Schlachten begann und der reiche Ort sank in Schutt und Asche. Mädchen und junge Frauen waren besonders gesuchtes Freiwild. Sie wurden vergewaltigt und viel-fach getötet. Die übrig Gebliebenen fanden Zuflucht in Heilbronn. Nur die Kirche, Pfarr- und Schulhaus, die Schmiede und die äußere Mühle blieben verschont. Dort quartierte sich der spanische Feldherr Cordova ein. 181 Wohnhäuser, 119 Scheunen und 219 Ställe fielen dem Brand zum Opfer. 1137 Malter (1 Malter = 100 kg) Dinkel, 205 Malter Hafer, 105 Malter Korn, 25 Malter Erbsen, nebst 138 Fuder Wein (rund 100.000 Liter) wurden geraubt. 153 Kühe, 19 Kälber, 7 Pferde, 2 Füllen, 141 Schweine und eine Menge Gäste, Enten und Hühner. Hinzu kamen noch die Verluste an Hausrat, Leinwand, Wäsche und Geschirr.
Die wilde Soldateska Tillys verwüstete darüber hinaus die Felder, auf dem das Getreide in vollem Wachstum stand und benutzten sie als Pferdeweide. Bäume wurden umgehauen, Weinberge vernichtet. Der Verlust lag bei über 100.000 Gulden – eine ungeheure Summe.
Den Winter verbrachten die übrig gebliebenen Bewohner in 16 Stuben. Eine Flut von Traurigkeit und Bitternis, von Not und Verzweiflung, quillt uns aus den knap-pen Urkunden dieser Zeit entgegen. In einem Verzeichnis der Besitzer der abgebrannten Behausungen und Scheunen begegnen uns die Namen alteingesessener Familien: Bartenbach, Hagner, Harst, Heilmann, Herrmann, Jäger, Kuder, Neutz, Pfau, Schmidt, Straubt, Vielhauer, Weller und Wörz.
